各挖泥船公司研制了不同類型的挖泥船投入使用，在工程中較為常見的挖泥船可分為機械式和水力式兩大類。

機械式挖泥船主要運用挖掘機具進行水下挖掘，利用機具本身進行垂向提升以達到工程目的，主要包括抓斗挖泥船、鏟斗挖泥船和鏈斗挖泥船等；水力式挖泥船則利用機械旋轉切割水下土層，將泥沙與水混合形成一定濃度的泥漿，通過輸泥管道輸送上岸，包括吸揚式挖泥船、絞吸式挖泥船和耙吸式挖泥船等，在選用挖泥船的時候，要看工程的性質以及施工區氣象、水文、地理環境等條件。

在風浪大又無掩護的濱海和河口地區，宜選用自航式耙吸挖泥船；結合吹填的常采用帶輸泥管線的絞吸挖泥船；水底為硬土的用鏟斗挖泥船；作業面小的情況下，例如在港口的碼頭前沿，宜用抓斗挖泥船。挖泥船作業時，要避免妨礙運輸船舶航行，注意安全操作和設施的齊備。在現場要標定挖槽的準確位置，布設水位訊號、挖泥和卸泥區標志，經常進行水深測量，以提高挖泥船的安全性。